做核磁共振检查的副作用主要有以下几方面：
1.由于核磁共振的生物效应，患者在检查的过程中会出现体温升高，大概会升高1°C左右，所以有些患者可能会在检查的过程中觉得身体发热，但是检查结束之后这种情况就会消失。
2.在检查的过程中机器的噪音比较大，所以有一部分患者会出现耳部不适或者耳鸣。
3.检查的空间比较密闭，而且检查的时间比较长，所以有的人会有紧张感，导致血压上升、心率加快。
4.有一部分人做完之后会有头晕的症状，但是在适当地休息之后就能够缓解。