核磁共振是一种非常安全的影像学检查方式，只要是在检查的过程中完全遵守操作以及检查的规范，对人体没有什么样的危害的。
但是，对于怀孕三个月以内的孕妇是一个例外。从安全的角度考虑，怀孕三个月以内的孕妇禁止做核磁共振检查。怀孕三个月以后的孕妇如果临床需要，可以做核磁共振检查。但是，如果可以用超声检查进行替代，要首选做超声进行检查。
核磁共振检查的过程中，有可能会对人体产生一些影响，但是不足以产生明显的危害。比如在检查的过程中，患者可能会出现轻微的发热，耳部有可能会出现一定的不适。再就是，由于核磁共振检查的时间比较长，空间比较密闭，患者有可能会出现血压的暂时性升高，或者心率的暂时性加快，但是适当休息之后都能够缓解。