磁共振造影剂的副作用主要是指它的过敏反应，过敏反应有轻有重，与患者的体质差异是有关系的。
轻度的过敏反应患者可以出现面部潮红、恶心、呕吐、头晕、头痛或者是皮疹。中度的过敏反应患者还有可能出现面部的水肿、血压暂时性的下降。重度的过敏反应患者会出现惊厥、休克，甚至是昏迷。
对于轻度的过敏反应，可以继续检查，暂时不用处理，但是症状明显时，应该对症治疗，并且立即停止进行检查。对于重度的过敏反应，一定要及时用急救措施进行处理，以免患者发生生命危险。总的，核磁共振造影剂发生副反应的几率相比于增强ct所使用的对比剂是很低的，有很多患者对ct造影剂过敏后会选择做增强核磁共振，而且医生在患者检查之前会详细询问过敏史和患者的肾功能情况。
有过敏史的患者，一般发生造影剂过敏反应的几率也比普通人要高一些，对于一些肾功能状态特别差的患者，有发生肾功损伤加重的风险。