如果患者在做核磁共振检查的时候，严格遵守操作流程，没有什么副作用。
因为核磁共振检查利用的主要是人体内大量的氢原子核在外加磁场的作用下运动，从而成像的一种检查方法，所以对人体没有什么副作用。即便是比较小的婴儿和孕妇，也都可以做此项检查。但是由于使用的外加磁场，所以对患者有严格的要求。比如患者在检查的时候，必须除掉身体内的金属物品，这样防止在检查的时候发生危险。
由于核磁共振的噪音比较大，所以有一些患者可能在检查的时候会出现耳部的不适感。多数在检查前，医院都会为患者准备耳塞来防止这种不适发生。再就是核磁共振，检查的时间比较长，有一些幽闭恐惧症的患者不适合做此项检查。