睡眠呼吸暂停综合征的病因，常有以下两种：
一、中枢性睡眠呼吸暂停综合征。中枢型睡眠呼吸暂停综合征一般不超过呼吸暂停患者的10%，原发性更为少见。继发性的常见病因包括各种中枢神经系统疾病、脑外伤、充血性心力衰竭、麻醉和药物中毒等。神经系统病变主要由血管栓塞或变性疾病引起的脑干、脊髓病变、脊髓灰白质炎、脑炎、枕骨大孔发育畸形和家族性自主神经功能异常等。一半以上的慢性充血性心力衰竭患者称为Chenyne-Stock模式的中枢型睡眠呼吸暂停。中枢型睡眠呼吸暂停的发生，主要与呼吸中枢呼吸调控功能的不稳定性增强有关。
二、阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征。该病主要常见是睡眠呼吸疾病，其发病有家族聚集性和遗传倾向。多数患者肥胖或超重，存在上呼吸道，包括鼻、咽部的解剖狭窄。如变应性鼻炎、鼻息肉、扁桃体腺样体肥大、软腭下垂松弛、悬雍垂过长、过粗、舌体肥大、舌根后坠、下颌后缩、颞颌关节功能障碍和小颌畸形机等。部分内分泌疾病如甲状腺功能减退、肢端肥大症常合并该病。该病的发生与上气道解剖学狭窄直接相关。呼吸中枢反应性降低与神经体液内分泌等因素亦与发病相关。