对于功能性便秘的诊治方法，主要是根据患者的临床症状存在粪便干结、排便困难以及大便次数减少等情况。同时，结合患者肠镜、肛肠直诊、排粪造影、胃肠传输试验以及大便分析等相关的辅助检查排除器质性病变，可以诊断为功能性便秘。
对于功能性便秘的治疗主要是要求患者保持良好的饮食及生活习惯，多吃富含膳食纤维的新鲜蔬菜及水果。避免油炸、生冷、油腻、刺激、辛辣等容易上火的食物，忌烟酒、浓茶、咖啡等等，避免精神过度焦虑与紧张的情况。
药物治疗可以给予改善胃肠功能，促进胃肠动力的药物调节，肠道菌群失调、肠功能紊乱的药物以及润肠通便的药物等等。