器质性便秘和功能性便秘的区别在于临床表现以及疾病原因。
引起器质性便秘的主要原因是患者出现了胃肠道方面的疾病，比如先天性的巨结肠、肠腔狭窄、肠道肿瘤。如果患者有盆底失弛缓症、直肠前突或者肛裂、痔疮等疾病时，有可能会引起器质性的便秘。
功能性便秘是指排除肠道器质性病变所引起的便秘，可以是精神因素或者不良的生活习惯导致，比如人际关系紧张，并且心情长期处于紧张状态时，可能会导致患者肠蠕动减慢。
二者在治疗上也有所不同。