肛瘘治好后是不会复发的，复发的肛瘘说明是没有被治愈。肛瘘分为低位简单性肛瘘和高位复杂性肛瘘。
其中，低位简单性肛瘘治疗起来非常简单，只要将内口找到并将瘘管剔除，术后患者很快就会恢复。内口位置很低，而且瘘管只有一条，所以手术很简单，医师都能操作，而且术后都不会复发。而高位复杂性肛瘘，因为内口位置很高，在肛门括约肌上方，而且瘘管有两条或者是两条以上，经常不能准确内口的位置。
而瘘管走行很复杂，剔除时容易有遗漏，导致感染不能彻底根治，外口长期不愈合。所以术后就会很快复发，说明肛瘘根本就没有被治愈，只是症状暂时缓解，待感染加重，还是会出现流出脓液、疼痛。