低位肛瘘又分为，低位单纯性肛瘘和低位复杂性肛瘘。单纯性肛瘘只有一个瘘道，位于括约肌深层以下，内口位于肛窦处。低位复杂性肛瘘有两个或两个以上的瘘道及外口，瘘道位于外括约肌深层以下，有一个或两个以上的内口。
低位肛瘘手术成功，术后不复发的关键，在于术中将所有内口及瘘道找到。处理好内口及感染源，剔除瘘道，术后给予全身应用抗生素治疗。切口处每日换药彻底，做好肛周清洁。
禁食辛、辣、剌激性食物。如果做到以上几点，低位肛瘘一般是不容易复发的。