肛瘘手术后会不会复发，得看肛瘘术中有没有将内口准确找到并处理好。如果是低位简单的肛瘘，手术过程中特别容易找到内口，行肛瘘切除术或者是肛瘘切开挂线术，术后因内口得到了有效处理，很快就能愈合，肛瘘术后就不会复发。
如果是高位复杂性的肛瘘，手术过程中不容易寻找到内口，而且特别容易遗漏内口，没有将内口处理好，感染就会持续存在、反复发作，肛瘘就会复发。
所以，在进行肛瘘的手术前，一定要将肛瘘的瘘管数量及内口位置明确好，这样术中才能将瘘管彻底剔除，将内口处理好，术后才不会复发。有条件的最好是行瘘管造影，这样瘘管走形的位置及内口的位置才会明确，手术具有针对性，手术的成功率才会比较高，术后复发率才会低。