肛瘘手术后还可能会复发的，复发率较低。
肛瘘的手术一般做好术前风险评估，依据瘘管的弯曲程度和外口数目，多采用色素注射确定，以免术中出现遗漏和假道的产生。术中也会依据肛瘘的高低位和复杂程度，采用正确的手术方式，避免过多的损伤肛门括约肌肌、肛提肌、肛门直肠环，避免切除过多的肛管皮肤。
切除感染的肛窦、肛窦隐窝和肛门腺，完整剔除瘘管，手术安全有效，达到去除病因的效果，术后很少复发。