慢性结肠炎可以利用中药灌肠的方法治疗，这种治疗方法比较直接，也能起到冲洗和清洁的作用，以达到止泻、消炎、增强肠道免疫功能，促进溃疡愈合，西医主要采用抗生素进行抗炎和抗感染治疗。
慢性结肠炎的治疗重点不是药物，而是日常饮食，只有通过心理调整和行为改变，才能从根本上调整胃肠功能紊乱。
结肠炎应以易消化半流质少残渣饮食，少量多餐以增加营养，改善症状，应该吃些新鲜的蔬菜和水果，例如吃些菠菜、油菜等，还应该吃一些新鲜水果，比如苹果和梨，不要吃刺激性食物，比如胡椒粉、芥末等等。