结肠镜和直肠镜的区别是检查的范围，以及检查前准备不一样。直肠镜是通过肛门将器械送达直肠起始端，在冷光源的辅助下进行观察，从而排查各种直肠疾病。
结肠镜是通过肛门将连接有摄像头的管道，送达结肠的回盲部，然后边退镜头，边观察肠壁的情况，检查单位是整个结肠、直肠及肛门部。当发现肠壁有息肉时，还可通过结肠镜进行息肉切除，或者行组织、行病理检查等操作。
直肠镜检查需要排便后进行，而结肠镜检查前需要服用泻药排空肠道，并且行血常规、心电图，以及感染四项等检查。