直肠镜和结肠镜的主要区别是，直肠镜只检查直肠部位的病变，结肠镜检查直肠和全部结肠的病变。
直肠镜检查只需患者将粪便排干净，或灌肠将直肠内粪便排干净，经肛门置入直肠镜，可检查距肛门20厘米处直肠和肛管，观察直肠有无出血、溃疡、息肉、肿瘤等。结肠镜可以检查约150厘米的全大肠，包括直肠、结肠、盲肠，检查的长度比直肠镜长。
结肠镜可以发现大肠的一些病变，如大肠息肉、各种类型大肠癌、大肠炎症等，结肠症检查还可以取病变组织，做病理检查。