结肠镜检查和直肠镜检查两者相同点，是都需要患者检查前进行肠道清洁准备、完善常规心电图、乙肝表面抗原、丙肝抗体，检查方法及图片留存都是一样的，两者检查的内容是相同的，比如都需要检查肠管内是否存在肿瘤、息肉、溃疡及出血等。如果发现肿瘤及息肉应采取少许组织，送常规病理检查以明确良恶性，如果条件允许，还可以在镜下行息肉电凝电切术。
不同点是两者深入的位置不同，检查的部位不一样，结肠镜可以检查升结肠、横结肠、降结肠、乙状结肠及直肠和肛管，直肠镜只是检查直肠和肛管。