胰腺囊肿的治疗可根据病程的轻重程度选择相应的治疗方案。
一般无严重感染以及囊肿较小，增大不显著的胰腺假性囊肿，可以在B超随诊下观察，多数可吸收。对于随访观察不吸收的假性囊肿患者，治疗方法包括急症手术、择期手术。
如果患者有内瘘存在时，术前应清洁肠道，口服新霉素，同时肌注维生素K。对于囊肿破裂、出血、继发感染等危及生命时，行急症外引流手术，切开引流或囊袋缝合术，注意补充水、电解质及全身治疗。待瘘管形成后行再次手术。
假性囊肿形成后2-4月，根据病变程度、范围选定手术。