早上睡醒头痛，可能为睡眠呼吸暂停综合征所引起，该类患者在睡觉时总是频繁打鼾，容易出现呼吸暂停，致使二氧化碳无法及时排出，容易使二氧化碳在体内过度潴留，进而造成脑部血管扩张，就会引起早上睡醒后头痛。
也可能为低血糖反应所引起，尤其是本身患有糖尿病的病人，如果在日常控制血糖过于严格，很容易在早上睡醒时出现低血糖反应，表现出明显的头痛症状，还可伴有头晕、心慌等表现。
此外，还可能与神经衰弱有关，由于神经衰弱患者存在睡眠障碍，导致夜里多梦、睡眠质量差，无法得到很好的休息，就容易在早上睡醒后头痛。