早上睡醒后头痛应针对病因进行治疗。
首先，考虑是由于夜间睡眠质量差所引起，发病后应针对病因改善睡眠。治疗上主要是调整日常生活方式，必要的时候可服用镇静催眠药物。
其次，早晨起来头痛还有可能是上呼吸道感染所引起，发病后建议患者可以多饮温开水。头痛症状严重的可服用非甾体类的抗炎药，例如布洛芬。伴有鼻塞、流涕、咽痛的可口服一些抗感冒的药物，例如氨咖黄敏胶囊等。
当出现头痛时建议测量血压，如果是血压增高所引起，应服用降压药物控制血压。