睡醒后头痛可能是由于睡眠质量差所引起。虽然睡眠的时间足够，但大部分时间处于浅睡眠状态，导致大脑不能得到足够的休息，就可导致睡醒后头痛。
也可能是因为植物神经功能紊乱所引起。如果在睡眠过程中多梦，且容易惊醒，惊醒后又很难再次进入到睡眠状态，就会导致整晚得不到很好的休息，致使大脑休息不充足，引起脑部缺血、缺氧，也会引起睡醒后头痛。
如果经常出现这种现象，应重视做好生活调理，规律作息，不要熬夜，每天保证按时起床、按时睡觉。白天适当加强运动锻炼，都有利于改善睡眠。提高睡眠质量后，可使睡醒后头痛症状逐渐改善。