胆囊萎缩后对身体的影响是可能会出现厌油、消化不良等胃肠道症状，以及胆囊恶变的风险增加。
胆囊在体内主要扮演着储存、浓缩及排出胆汁的功能。因为胆囊结石堵塞，或者胆囊其他病变而引起胆囊出现萎缩时，胆囊就失去这些功能。在进食油腻食物时，会出现脂肪泻等消化不良的症状。并且胆囊萎缩时反复发作的胆囊炎或者结石刺激胆囊壁，最终有可能会引起胆囊发生恶变。
因此，胆囊萎缩时如果没有明确的手术禁忌证，建议尽早手术切除胆囊，术后送病理学检查，以明确胆囊有无发生恶变。