胆总管结石手术是有一定的后遗症，但是绝大多数胆总管结石手术后的患者，经过积极有效的治疗，绝大多数愈后都非常好。
由于引起胆结石的病因众多，常见的有细菌感染、饮食不合理、自身免疫性或代谢性疾病等。
对于细菌感染或饮食不合理而造成的胆结石，手术后在生活中注意日常护理，绝大多数患者恢复的都很好，术后复发的概率也相对较低。
但是如果是代谢性疾病引起的胆结石，即使经过正规有效的治疗，胆结石复发的可能性依然很高。
还有些比较常见的手术后遗症，比如消化不良、胆道出血、胆瘘等，是可以通过治疗改善。