调节植物神经紊乱的药物有谷维素、维生素B1、普萘洛尔、地西泮等镇静的药物，还有一些抗抑郁、焦虑的药物。
但是，这些药物的应用必须结合患者的症状特点，进行个体化的选择，不是所有的患者都适合用同样的药物。而且神经紊乱的治疗，首先要进行完善的检查，排除器质性的疾病，或者某些原发病引起植物神经功能紊乱的可能。
如果存在器质性的疾病或原发性的疾病，针对这些进行治疗，才能根治植物神经功能紊乱。如果找不到原发病，可以试用上述的药物，以改善患者的症状。