胆总管囊肿也被叫做胆管扩张症，手术治疗是大手术。因为手术复杂、风险较大，要把囊状病变胆管切掉，同时将继发性病变完全去除，并建立通畅的胆汁引流。
在临床医学上，此病属于一种良性疾病，但是存在恶变的倾向。若是成人在确诊疾病之后，不管是否存在临床表现，都需要尽快采取手术方式进行治疗。
如果是婴幼儿，症状明显，也需尽快安排手术。目前主要有开腹手术、腹腔镜手术等，需要根据病变范围来采取合适的手术方法。比较多见的主要是胆总管囊肿切除术、胆囊切除术、胆肠吻合术。