肛瘘手术分为肛瘘切除术和肛瘘切开挂线术，临床上以低位肛瘘比较常见。肛瘘切除术适用于低位肛瘘，手术比较简单，因瘘管走行在肛门括约肌下方，通过瘘管寻找内口比较简单，内口定位会比较准确，术后一般不会复发，所以复发率很低。
肛瘘切开挂线术一般适用于高位肛瘘，高位肛瘘的瘘管行经肛门括约肌上方，所以在通过瘘管寻找内口时比较困难，内口定位不是很准确，术后就容易复发。
所以在治疗高位肛瘘时，应可行瘘管造影术，在x线片下可明显地看到瘘管的数目，行经路线与周围组织的关系，从而能够准确治疗，降低术后复发率。