并非所有的肛瘘术后复发率都很高，不同类型的肛瘘手术后的复发率不相同。
对于一些低位单纯性肛瘘，其术后复发率低于1%，是非常低的，这类肛瘘内口以及瘘管走形非常明确，所以基本上不会复发。而对于低位复杂性肛瘘，由于其有多个内口或者多根瘘管，所以其术后复发率相对偏高，一般在5%左右。
而对于高位复杂性肛瘘，由于瘘管位置偏高，探查困难，并且走形复杂，内口位置多变，所以其术后复发率是最高的，据统计可以达到20%以上。