肾结石手术利大于弊，因为肾结石通过保守治疗无效，结石体积比较大，远端出现梗阻，结石不能排出，影响到肾脏功能，导致肾积水。唯独有手术才可清除结石，逆转肾脏功能。
肾结石手术的风险比较低，手术由以前的开放手术演变为现在的微创手术，可以说把手术的风险已经降到最低。
比如经皮肾镜取石手术，手术是在经皮肤打个洞，通过肾脏皮质肾盂，到达肾盂部分来取石或者碎石治疗。手术对肾脏有一定的损伤，还可引起出血等，要仔细操作，可降低手术的并发症。