肾结石手术给机体会带来一定损伤，较为常见的是术后并发出血、感染。切口受到尿液污染容易滋生致病菌而导致感染，影响术后的愈合恢复发生切口漏尿等，对生活质量造成一定影响。
肾结石手术对肾脏的滤过代谢功能也可造成一定的损伤。由于肾脏组织质地脆弱，手术对肾脏组织的人为创伤，可能导致肾脏功能下降，发生水电解质调节代谢紊乱。
为了降低手术对身体的伤害需要选择有资质的泌尿外科进行就诊，并且辅助超声、造影等相关检查，首选无创体外震波碎石方式处理肾结石。