卵巢囊肿有可能引起月经不调，最常见的就是卵巢子宫内膜异位囊肿，也称卵巢巧克力囊肿。其原因是正常的子宫内膜异位到卵巢，这些异位而来的子宫内膜仍然具有活性，随雌孕激素的周期性变化而生长脱落，逐渐形成卵巢囊肿。
此类囊肿还有可能引起痛经，继发不孕等可能。若囊肿持续生长大约4-5cm，可以考虑进行手术治疗，以免囊肿扭转、破裂。
如果囊肿是具有分泌女性激素功能的卵巢颗粒细胞瘤，也会引起月经不调。还有一些生理性囊肿，比如黄体囊肿，则不会引起月经改变或痛经。