一般卵巢囊肿分为生理性、病理性卵巢囊肿，生理性卵巢囊肿一般不会影响月经。病理性的卵巢囊肿对月经有一定影响，多是因为卵巢囊肿有可能会影响到卵巢的功能，进而导致月经不调。
但是引起月经不调的病因比较多，除了卵巢囊肿外，还存在环境因素、饮食因素、多次人工流产、服用某些药物等原因引起的。
出现月经不正常的情况时，需要检查子宫内膜的厚度，必要的时候还需要抽血检查性激素六项。如果确定是卵巢囊肿引起的月经不正常，可以根据卵巢囊肿的大小、性质决定治疗的方法。