肝外胆管结石和肝内胆管结石的区别，主要在于解剖部位不同。肝外胆管结石包括肝总管结石、胆总管结石、胆囊结石等。肝内胆管结石包括肝左管结石、肝右管结石等。
肝外胆管结石和肝内胆管结石在临床症状上有很多相似之处，包括会引起右上腹疼痛、恶心、呕吐、黄疸、发热等症状。
临床区别主要在于辅助检查，包括血常规、肝功能、血尿淀粉酶、腹部B超、腹部CT、腹部核磁等检查来加以区别。当采用保守治疗时，采用禁饮食、抗感染、补液、解痉止疼等治疗。根据结石的部位不同，采用的手术治疗方式不同。