低位肛瘘常见的治疗方法有两种：
第一，是保守治疗，当患者身体条件不允许手术或者没有手术条件时，出现低位肛瘘急性感染发作，可以选择使用药物保守治疗，绝大多数经抗炎等治疗均能控制肛瘘的症状。
第二，是手术治疗，也是首选的治疗方法，因为肛瘘都需要通过手术治疗才能完全治愈。
保守治疗虽然能够控制症状，但后期有可能还会反复发作，而低位肛瘘手术也非常简单，单纯行肛瘘瘘管切开术或者切除术就可以，术后的复发率非常低，在5%以下，所以肛瘘患者一旦明确诊断，还是应该及时行手术治疗，以防止反复感染将单纯的肛瘘，变成复杂性的肛瘘，增加手术治疗难度。