肛瘘治疗后是否还会复发，得看采取什么样的治疗方法。口服或静滴抗菌药物，治疗肛瘘只能是缓解肛瘘的感染症状，而不能将其治愈，所以肛瘘的病情还是会反复发作。
手术是治疗肛瘘唯一有效的方法，但手术治疗肛瘘能否成功，在于能否准确的找到内口及瘘管并将其处理好。如果未找到内口或未将瘘管完全剔除，内口及瘘管会持续存在，还会发生感染，肛瘘的病情也会反复。
所以建议在进行肛瘘手术前，最好行瘘管造影术。将造影剂从外口注入，造影剂在内口及瘘管内显影，就能准确定位内口及瘘管的位置，再行手术治疗，这样术后的复发率就会降低。