如果肛周脓肿为非瘘管性脓肿，因脓肿不与肛内相通，破溃后将脓液及坏死组织完全清除。结缔组织和肉芽组织很快就将脓腔填满，肛周脓肿就会治愈，而且不会复发。
而如果肛周脓肿为瘘管性脓肿，脓腔与肛内相通。破溃后，将脓液及坏死组织完全清除，结缔组织及肉芽组织将脓腔缩窄，从而形成肛瘘。因肛瘘的内口位于肛内，未得到有效处理，不仅不会愈合，还会反复发生感染，所以肛瘘就会反复发作。
这时要想根治肛瘘，只能进行手术治疗，或行肛瘘切除术，或行肛瘘切开挂线术，具体应视术中探查情况决定。