如果手术后换药不及时或者肛门卫生条件差，很容易会引起肛瘘复发。
肛瘘是由内溃口、外溃口以及皮下瘘管三部分组成的，可以引起肛周组织反复的红肿、破溃、流液，迁延不愈，任何保守治疗措施无效，手术是唯一可以治愈的治疗措施。手术后不能缝合，因此切口较大，需要每日换药治疗。换药时需要在切口内放置油纱条引流，防止外层切口假愈合，否则容易引起肛瘘复发。
另外，若肛门卫生条件差，肛瘘在愈合的时候，肉芽组织内夹杂有粪便残渣等异物时，也有可能会引起肛瘘复发。