肛瘘手术在临床上还是有一定的复发率的，平均的复发率大约在10%到20%。主要是一些高位复杂性肛瘘所导致的，一般低位单纯性的肛瘘，术后的复发率低于1%。
所以综合来说，主要是一些高位的复杂性肛瘘的复发率相对比较高，可以达到20%以上。高位复杂性肛瘘，由于可能存在多跟瘘管以及多个内口，瘘管位置高，走形复杂，所以在手术时对于内口的处理有可能会遗漏，在世界上高位复杂性肛瘘的治疗仍然是个难题。
所以在术前应该完善一些检查，明确瘘管的位置数量以及高低，磁共振检查目前是肛瘘检查的金标准。