肝囊肿需要根据囊肿的大小以及生长部位不同选择不同的处理方案。
患者可以通过B超的方式发现囊肿部位，如果是比较小的肝实质内部囊肿建议采用经皮经肝穿刺治疗，通过穿刺之后抽出囊液可以证明和胆管不相通，然后注入无水的酒精，可以破坏黏膜，导致无囊液分泌，这样囊肿就会慢慢坏死。
如果检查出囊肿较大可以通过肝囊肿开窗引流手术，让分泌的囊液直接流到腹腔的内部，就不会对正常的肝脏造成压迫。如果是左肝外叶较大的囊肿可以通过腹腔镜囊肿切除手术的方式治愈疾病。