残窦综合征是指胃窦切除不全，导致的吻合口溃疡症候群。残留胃窦复发性溃疡的发病率为40%，可以用药物治疗。可用H2受体拮抗剂或质子泵抑制胃酸分泌，还可用雷尼替丁或法莫替丁、奥美拉唑，配合用消化药、叶酸等预防贫血发生。
可选择手术治疗，彻底切除残留的胃窦，并让顺行的、生理的十二指肠恢复。将胃与十二指肠直接做端端吻合术和游离空肠袢替换术，有的患者还可以做双侧迷走神经干切断术。
大部分的患者可治愈，一般预后良好，注意定期复查电子胃镜。