无顶冠状静脉窦综合征一般采取手术治疗。手术方式的选择，主要是依据是否合并有左上腔静脉与右上腔静脉之间有无名静脉相通。
无顶冠状静脉窦综合征患者，不合并有左上腔静脉的时候，一般只需要修补冠状静脉窦的房间隔缺损。因为这种情况下所引起的右向左的分流量是比较小的，因此对生理的影响比较小。
而对于合并有左上腔静脉及与右上腔静脉之间有无名静脉相通的患者，不仅需要进行修补手术，还需要进行左上腔静脉与右心耳及右上腔静脉与左肺动脉吻合术。