引起无顶冠状静脉窦综合征的原因比较多，但是在临床上认为，先天性的相关因素是导致无顶冠状静脉窦综合症的主要原因，而具体以下几个方面的原因可能对造成无顶冠状静脉窦综合征有相当大的关系：
第一，遗传因素可能对造成无顶冠状静脉窦综合征有相当大的作用，患儿近亲属都有类似的发育畸形。
第二，孕妇在怀孕过程当中或者怀孕之前，使用导致胎儿畸形的药物，也可能造成无顶冠状静脉窦综合征。
第三，孕妇接触过多的放射性物质或者是摄入叶酸不足，也可能是这种疾病的发病原因。