肝内胆管结石的患者根据胆结石的大小、数量、位置的不同，而采取不同的治疗方案。
常见的手术方案有腹腔镜下胆管切开取石术、肝脏部分切除术和肝移植术等，在绝大多数医院里，胆管切开取石术属于三级手术，指的是手术风险相对较高、手术难度相对较大，而肝脏部分切除术和肝移植术属于四级手术，指的是手术风险很高、手术难度很大。
因此，肝内胆管结石的手术相对风险较一般手术比较大，但是随着科学技术的发展和医疗水平的进步，上述手术方式已经被广泛的应用到临床实践中，治疗水平较之前有质的提高。