肝包虫病由于病情程度的不同，在手术治疗上会有一定的差异。因此并没有一个确切的手术时间。
比如，目前临床上最常用的手术方式是包虫囊肿内囊摘除术，这种手术适用于无继发感染的患者。手术的具体操作为：显露包虫囊肿后，用厚纱布垫严密保护切口与周围器官，以免囊内容物污染腹腔。用粗针穿刺并尽量吸除内容物后，在无胆瘘的情况下，向囊内注入适量30％氯化钠溶液。等待5分钟以杀死头节，如此反复2～3次，再用吸引器将囊内容物吸尽。
因此该手术的时间与囊肿的数量有着极为密切的关系。如果术中出现其它情况，也要花时间针对性的处理。