目前对于肝内胆管结石，不但可以做手术，而且临床治疗上主要以手术为主。就是因为肝内胆管分支很多，胆管的直径又很细，保守治疗效果很差。
对于肝内胆管结石的手术治疗，需要根据结石的大小、数量、位置以及感染和肝功损害等并发症而定，目前手术方案，最常见的是胆管的切开取石，它适用于数量较小，胆结石位置靠下，肝功能损害较轻的患者。
如果结石位置较深，胆管切开难以取净，就可能需要连同周围的肝脏组织一并切除。如果辅行检查发现肝功能损害极为严重，就需要进行肝移植。