肛瘘瘘管积脓了，患者首先需要使用抗生素，可以采取口服左氧氟沙星以及甲硝唑控制局部感染。大多数肛瘘瘘管内积脓会经肛瘘的外口流出，局部症状也会迅速缓解，即使肛瘘外口出现愈合，在瘘管内积脓后，外口也有可能会重新破溃流脓。
但如果瘘管内积脓，脓液无法引流出，患者就会出现类似于肛周脓肿的症状，会出现明显的局部红肿疼痛，患者就需要及时去医院就诊，将瘘管切开引流。
另外，肛瘘会出现反复的肿痛以及流脓，并无法自愈，最终都需要通过手术治疗才能治愈，所以肛瘘患者需要及时行手术治疗。