肛瘘瘘管内形成脓肿有可能会导致以下一些情况：
首先，如果肛瘘外口已经闭合，瘘管内形成脓肿，就会出现类似于肛周脓肿的症状，患者会表现为局部剧烈的红肿、疼痛症状。
其次，如果肛瘘外口未闭合，瘘管内形成脓肿后，脓液会经原肛瘘外口流出，随即疼痛的症状会迅速缓解。
再次，如果肛瘘外口已经闭合，瘘管内脓肿有可能会经其他肛周皮肤破溃流出，会将单纯性的肛瘘变成复杂性的肛瘘，会增加后期治疗的难度。
所以，肛瘘患者应及时行手术治疗治愈肛瘘。