肛瘘反复流脓是急性感染炎症期，最好手术治疗。
肛瘘是由内口、瘘管和外口组成。内口感染化脓，脓液顺瘘管由外口流出，外口会反复破溃流脓，急性感染期流脓多、脓液稠、有恶臭味，感染消退后流脓少，有时外口闭合，再次感染后外口又会破溃流脓。只要有内口和瘘管存在，肛瘘就不会消除。
所以，得了肛瘘，无论是感染期还是稳定期，都需要手术治疗，只有手术治疗才能根治肛瘘。不及时手术，感染还会向周围间隙扩散，形成多个瘘管和多个外口，由简单性肛瘘演变为复杂性肛瘘，增加了后期手术的难度。