肛瘘瘘管堵塞了主要的危害就是再次出现局部感染的情况，会出现局部的红肿和疼痛。
还有可能使低位的肛瘘，发展成高位的肛瘘，使简单的肛瘘发展成复杂性的肛瘘，可以对肛门周围的括约肌以及软组织会产生进一步的损伤和破坏。肛瘘瘘管堵塞可以使肛瘘引流不通畅，使脓性的分泌物积聚在肛瘘瘘管内，可以诱发感染的情况。肛瘘瘘管堵塞出现了临床症状，一定要完善相关的术前检查，及早地通过手术的方法进行治疗。
肛瘘是由于肛门周围脓肿发生了溃破，所以也属于感染性的疾病，单纯地通过药物治疗效果并不理想。