由于肝肺综合征通常症状较严重，因此疾病发作期并不主张用中药进行治疗。因为中药成分复杂，容易加重肝脏的损伤，肝肺综合征的药物治疗，通常进展缓慢，疗效不满意。
奥曲肽为强效的血管扩张神经肽抑制剂，被认为可通过阻断神经肽、血管活性肽、抑制胰高血糖素等环节，减少肝肺综合征患者的肺内动静脉分流。烯丙哌三嗪能改善慢性阻塞性肺病的通气、血流比例，能使缺氧肺血管收缩，从而改善肺通气、血流比例。
亚甲蓝临床应用可以增加肺血管阻力和体循环血管阻力，改善肝肺综合征患者的低氧血症和高动力循环。目前药物治疗均未得到公认。