克罗恩病是医学界的一大难题，几年能攻克没有确切的时间。到目前为止，只能依靠药物和临床治疗来减轻患者的痛苦。目前医学研究已总结出克罗恩病的病因及相关因素：
1.环境因素。城镇居民发病率高于农村人口，这种差异存在于瑞典，因为瑞典农村地区的医疗保健水平很高，这可能与社会经济状况有关。
2.家族遗传。克罗恩病与遗传有关，单卵双生子克罗恩病的符合率显著提高，而双卵双胞胎的符合率仅为8%，同时发现克罗恩病患者与其配偶之间没有差异。
3.感染因素。早期怀疑克罗恩病是由结核分枝杆菌引起，因为克罗恩病的病理特征与非钙化结核相似。