对于肝囊肿，在治疗时，并不是根据其具体体积大小这一现象采取手术治疗，一般要结合患者的临床症状、体征以及囊肿的具体位置、生长速度等，综合分析以后再确定是否要手术治疗，所以目前并不好判断。
若患者只是单纯的肝囊肿，体积比较小，未引起任何症状或体征，往往无需进行治疗。若囊肿大，患者有明显临床症状，通常可以选择囊肿穿刺抽液术治疗，或者是通过腹腔镜下囊肿去顶术治疗。
若是囊肿在肝边缘，或有蒂，向腹腔突出，则可通过囊肿切除术治疗。