理论上对于直径非常小的肝内胆管结石，是有可能通过服用溶石和排石的药物，比如熊去氧胆酸、鸡内金、中药方剂，如胆道排石汤、疏肝排石汤等排出来。
但实际情况是由于肝内胆管分支众多，而且很细，通路也并不像胆总管那么直，而是弯弯曲曲的，因此很难通过保守治疗达到排石的目的。
目前对于肝内胆管结石的治疗主要以手术为主，根据胆结石的大小、数量、位置的不同，手术方案可选择腹腔镜下胆管切开取石术、肝脏部分切除术、肝移植等，这些完成后才能达到根治的目的。